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Extension:PubmedParser/de

MediaWiki-Erweiterungen
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PubmedParser
Erscheinungsstatus: stabil
Einbindung Parser function
Beschreibung Adds a parser function #pmid to look up articles in pubmed.gov by ID.
Autor(en) Daniel Kraus (Bovendertalk)
Letzte Version 4.0.5 (2019-07-16)
MediaWiki 1.26+
Datenbankänderungen Ja
Lizenz GNU General Public License 2.0 or later
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README
CHANGELOG
Beispiel

  • {{#pmid:19782018}}
  • {{#pmid:19782018|Alon2009}}
$wgPubmedParserCache
Übersetze die PubmedParser Erweiterung wenn sie auf translatewiki.net verfügbar ist
Prüfe die Benutzungs- und Versionsmatrix.

Was macht diese Erweiterung?Edit

Die PubmedParser-Erweiterung fügt das Schlüsselwort #PMID hinzu, mit dem ganz einfach wissenschaftliche Artikel aus der Pubmed-Datenbank abgerufen und als Literaturangabe in die Wiki-Seite eingefügt werden können. Die Ausgabe erfolgt als Vorlage mit Parametern, so daß die Formatierungsehr leicht angepaßt werden kann (man muß nur die Vorlage bearbeiten).

Verglichen mit der anderen MediaWiki-Erweiterung für Pubmed-Artikel ("Pubmed") bietet PubmedParser den Vorteil, daß die Anpassung vollständig im Wiki erfolgen kann und keine Systemdateien auf dem Server verändert werden müssen.

PubmedParser kann immer nur eine Literaturangabe auf einmal aus Pubmed herunterladen. Wenn Sie ganze Listen von Artikel benötigen, schauen Sie sich am besten die Erweiterung "Pubmed" an.

Wenn die Cite-Erweiterung ebenfalls installiert ist, können Sie auch ganz einfach Referenzen (<ref name="ReferenzName">...</ref>) einfügen, indem Sie einfach als optionalen Parameter einen "ReferenzNamen" angeben. Dadurch können sehr einfach und sehr übersichtlich Literaturverweise in Ihr Wiki eingefügt werden.

VerwendungEdit

Um den Artikel mit der Pubmed-ID (PMID) 19782018 zu zitieren, fügen Sie einfach folgendes in Ihr Wiki ein:

{{#pmid:19782018}}

Dadurch wird intern die folgende Ausgabe erzeugt, die Sie allerdings nicht direkt sehen werden, da die Vorlage "pubmed" durch das Wiki sofort weiter verarbeitet wird. (Falls die Vorlage noch nicht existiert, können Sie auf den dann erscheinenden roten Link klicken, um sie anzulegen.)

{{pubmed|pmid=19782018|authors=Alon|allauthors=Alon|title=How to choose a good scientific problem
  |journal=Molecular cell|journala=Mol. Cell.|year=2009|volume=35|pages=726-8|doi=10.1016/j.molcel.2009.09.013}}

Hinweise:

  • Die Vorlage "pubmed" muß in Ihrem Wiki existieren; andernfalls wird ein roter Link "Vorlage:pubmed" angezeigt, auf den Sie klicken können, um die Vorlage anzulegen.
  • Der Name der Vorlage sowie die Namen der Parameter können im Wiki vollständig angepaßt werden (unter Special:AllMessages nach "pubmedparser" suchen).
  • Ihre Vorlage muß nicht alle oben aufgelisteten Parameter verwenden. Unbenutzte Parameter werden einfach verworfen.
  • authors wird mit einer abgekürzten Liste der Autoren ersetzt; wenn Sie die Namen aller Autoren haben wollen, verwenden Sie allauthors in Ihrer Vorlage.
  • journal ist der volle Name des Journals, so wie er in Pubmed gespeichert ist; verwenden Sie journala, um die ISO-Abkürzung zu erhalten.

Wenn Ihre Vorlage also wie folgt aussieht:

{{{authors}}}: {{{title}}}. ''{{{journala}}}'' {{{year}}};{{{volume}}}:{{{pages}}}.

Erhalten Sie so etwas wie dies:

Alon: How to choose a good scientific problem. Mol. Cell. 2009;35:726-8.

Vorlagen-ParameterEdit

Die folgenden Parameter können Sie in ihrer Vorlage verwenden. Beachten Sie, daß Sie die Namen der Parameter nach Ihren Bedürfnissen anpassen können (siehe [[#Anpassen|unten).

Parameter Beschreibung
{{{authors}}} Abgekürzte Liste der Autoren (Nachnamen); bei zwei Autoren mit einem "&" dazwischen, bei mehr Autoren mit "et al." abgekürzt.
Hinweis: Das "&" und das "et al." können Sie unter Spezial:MediaWiki-Systemnachrichten anpassen (siehe unten).
{{{authorsi}}} Abgekürzte Liste der Autoren (Nachnamen); wie oben, nur mit Initialen.
Hinweis: Die Zeichen zwischen dem Nachnamen und den Initialen (Voreinstellung: Nur ein Leerzeichen) und die Zeichen nach den Initialen (z.B. ein Punkt; Voreinstellung: kein Punkt) können Sie unter Spezial:MediaWiki-Systemnachrichten anpassen (siehe unten).
{{{allauthors}}} Liste der Nachnamen aller Autoren. Der letzte Name wird mit "&" angefügt.
Hinweis: Das "&" können Sie unter Spezial:MediaWiki-Systemnachrichten anpassen (siehe unten).
{{{allauthorsi}}} Liste der Nachnamen aller Autoren, wie oben, nur mit Initialen.
Hinweis: Die Zeichen zwischen dem Nachnamen und den Initialen (Voreinstellung: Nur ein Leerzeichen) und die Zeichen nach den Initialen (z.B. ein Punkt; Voreinstellung: kein Punkt) können Sie unter Spezial:MediaWiki-Systemnachrichten anpassen (siehe unten).
{{{title}}} Der Titel des Artikels ohne Punkt am Ende.
{{{journal}}} Der vollständige Name der Fachzeitschrift, so, wie er in Pubmed geführt wird. Groß-/Kleinschreibung wird so belassen wie in Pubmed.
{{{journalcaps}}} Der vollständige Name der Fachzeitschrift; alle Wörter mit großem Anfangsbuchstaben.
{{{journala}}} Der abgekürzte Name der Fachzeitschrift (nach ISO), z.B.: N. Engl. J. Med.
{{{journalanop}}} Der abgekürzte Name der Fachzeitschrift (nach ISO) ohne Punkte, z.B.: N Engl J Med
{{{year}}} Das Erscheinungsjahr.
{{{volume}}} Der Band der Fachzeitschrift.
{{{pages}}} Die Seitenzahlen, wie Pubmed sie registriert hat. Dabei werden ggf. führende Ziffern weggelassen, wenn sie sich wiederholen, z.B. wird aus "1324 bis 1336" die Angabe "1324-36".
{{{firstpage}}} Die erste Seitennummber des Artikels.
{{{pmid}}} Die PMID-Nummer (also dieselbe ID, mit der die Funktion aufgerufen wurde)
{{{doi}}} Der DOI (Digital Object Identifer) des Artikels, der auf den Volltext des Artikels verweist. Nicht alle Pubmed-Datensätze enthalten diese Angabe.
{{{abstract}}} Der Abstract des Artikels. Um den Abstract primär zu verbergen und per Mausklick aufklappbar zu machen, verwenden Sie diesen Code in Ihrer Vorlage: {{#if:{{{abstract}}}|<span class="mw-collapsible mw-collapsed" data-expandtext="Abstract" data-collapsetext="Abstract">{{{abstract}}}</span>}} (Hinweis: Dies erfordert MediaWiki 1.18+).

Beispiel-Vorlage "pubmed"Edit

{{{authors}}}: {{{title}}}. ''{{{journala}}}'' {{{year}}};{{#if:{{{volume|}}}|{{{volume|}}}:}}{{{pages|)}}}.
 PMID: [http://pubmed.gov/{{{pmid|}}} {{{pmid|}}}]. {{#if:{{{doi|}}}|[http://dx.doi.org/{{{doi|}}} DOI].}}

Formatiertes Beispiel:

Cumming et al.: Error bars in experimental biology. J. Cell Biol. 2007;177:7-11. PMID: 17420288. DOI.

Hinweis: Diese Vorlage benötigt die [Help:Extension:ParserFunctions/de ParserFunctions]-Erweiterung (ermöglicht {{#if:test|then|else}}), um den DOI nur dann zu verlinken, wenn er im Pubmed-Datensatz enthalten und von PubmedParser geliefert wird.

Automatisches Hinzufügen von <ref></ref>-TagsEdit

Sie können einen zusätzlichen Parameter angeben, um automatisch <ref></ref> hinzufügen zu lassen. Der zusätzliche Parameter wird dabei als Name der Referenz verwendet. Dies erfordert die Erweiterung "Cite". Sie können erneut auf die Quelle verweisen, indem Sie den zusätzlichen Parameter in einem <ref>-Tag angeben: <ref name="yourparameter" />.

Beispiel:

{{#pmid:19782018|Alon2009}}

Wird intern zu:

<ref name="Alon2009">{{pubmed|pmid=19782018|authors=Alon|allauthors=Alon
 |title=How to choose a good scientific problem|journal=Molecular cell|
 journala=Mol. Cell.|year=2009|volume=35|pages=726-8|doi=10.1016/j.molcel.2009.09.013}}</ref>

Da diese Ausgabe von MediaWiki unmittelbar weiterverarbeitet wird (da {{pubmed...}} eine Vorlage bezeichnet), sehen Sie sie nicht, sondern nur die Fußnote, die von der Cite-Erweiterung generiert wird.

AnpassenEdit

Sowohl der Name der verwendeten Vorlage (Standard: "pubmed") als auch die Namen der Parameter ("authors" usw.) können im Wiki angepaßt werden. Rufen Sie hierzu die Seite Spezial:MediaWiki-Systemnachrichten auf und filtern Sie nach "pubmedparser".

PubmedParser-Systemnachrichten
Name Beschreibung Voreinstellung
pubmedparser-templatename Name der verwendeten Vorlage pubmed
pubmedparser-authors Vorlagen-Parameter für die abgekürzte Autorenliste authors
pubmedparser-authorsi Vorlagen-Parameter für die abgekürzte Autorenliste mit Initialen authorsi
pubmedparser-allauthors Vorlagen-Parameter für die vollständige Autorenliste allauthors
pubmedparser-allauthorsi Vorlagen-Parameter für die vollständige Autorenliste mit Initialen allauthorsi
pubmedparser-journal Vorlagen-Parameter für den Zeitschriftennamen (Pubmed-Stil) journal
pubmedparser-journalcaps Vorlagen-Parameter für den Zeitschriftennamen (erste Buchstaben groß) journalcaps
pubmedparser-journala Vorlagen-Parameter für den abgekürzten Zeitschriftennamen journala
pubmedparser-journalanop Vorlagen-Parameter für den abgekürzten Zeitschriftennamen ohne Punke journalanop
pubmedparser-volume Vorlagen-Parameter für den Zeitschriftenband volume
pubmedparser-pages Vorlagen-Parameter für die Seitenangabe pages
pubmedparser-firstpage Vorlagen-Parameter für die Angabe der ersten Seite firstpage
pubmedparser-year Vorlagen-Parameter für das Erscheinungsjahr year
pubmedparser-doi Vorlagen-Parameter für DOI-Angabe doi
pubmedparser-abstract Vorlagen-Parameter für den Abstract. abstract
pubmedparser-title Vorlagen-Parameter für Artikel-Titel title
pubmedparser-and Verknüpfung des letzten Autorennamens (z.B. "and") &
pubmedparser-etal Abkürzungstext für die Autorenliste ''et al.''
pubmedparser-initialseparator Trennzeichen zwischen Nachnamen und Initialen (z.B. ",") [leer]
pubmedparser-initialperiod Abkürzungszeichen für die Initialen, z.B. "." oder ". ". [leer]

InstallationEdit

  • Download und lege die Datei(en) in ein Verzeichnis namens PubmedParser in deinem Ordner extensions/ ab.
  • Füge folgenden Code am Ende deiner LocalSettings.php hinzu:
    wfLoadExtension( 'PubmedParser' );
    
  • Führe das Aktualisierungsskript aus, welches automatisch die notwendigen Datenbanktabellen erstellt, die diese Erweiterung braucht.
  •   Erledigt – Navigiere zu Special:Version in deinem Wiki (bei Einstellung auf deutsch nach Spezial:Version), um zu prüfen, dass die Erweiterung erfolgreich installiert ist.

KonfigurationsparameterEdit

Es gibt eine Konfigurationsvariable, die Sie ggf. anpassen können:

  $wgPubmedParserCache = "$IP/cache/PubmedParser";

Sie gibt den Pfad zu einem Cache-Verzeichnis an, in dem die Pubmed-XML-Daten lokal auf Ihrem Server gespeichert werden können. Dadurch muß beim Bearbeiten einer Seite nicht erneut auf den Pubmed-Server zugegriffen werden, sondern es werden die lokalen XML-Daten verwendet. Dies betrifft nur das Bearbeiten von Seiten; beim Abrufen/Ansehen von Wiki-Seiten wird auch ohne Cache nicht erneut auf Pubmed zugegriffen, da MediaWiki die Seiten intern zwischenspeichert.

Damit der lokale Cache funktionieren kann, muß das Verzeichnis auf Ihrem Server existieren sein und für den Server beschreibbar sein (chmod 777). Andernfalls wird PubmedParser ohne Fehlermeldung die Daten von Pubmed abfragen.

'reload'-ParameterEdit

Gelegentlich werden die Datensätze bei Pubmed aktualisiert, z.B. wenn ein Artikel zuerst nur online und später im Print veröffentlicht wird. Um zu erzwingen, daß die Datensatzinformationen trotz vorhandenem Cache neu von Pubmed abgerufen werden, kann der Parameter 'reload' hinzugefügt werden:

{{#PMID:123456|reload}}

oder

{{#PMID:123456|Müller2011|reload}}

Beachten Sie, daß die Datensatzinformationen immer nur dann abgerufen werden, wenn eine Seite bearbeitet wird. Wird die Seite lediglich angezeigt, hat der 'reload'-Parameter keine Auswirkungen. Es werden also keine überflüssigen Abfragen bei Pubmed initiiert.

ChangelogEdit

Technisches Änderungsprotokoll: https://github.com/bovender/PubmedParser/releases

Oder, mehr benutzerfreundlich: NEWS.md.

CodeEdit

https://github.com/bovender/PubmedParser

Siehe auchEdit

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